Die älteste Darstellung des Familienwappens ist aus dem Siegel aus dem Jahre 1341 ersichtlich. Sie zeigt das bis heute gültige Wappen der Gesamtfamilie, zwei Bäume auf drei Bergen.
Als 1714 der Generalmajor Carl Adam von Stackelberg (1669 – 1749) vom schwedischen König Carl XII. für die Verteidigung der Festung Stade gegen Dänemark in den erblichen Freiherrenstand erhoben wurde, erhielt er auch für sich und seine Nachfahren ein zusätzliches freiherrliches Wappen.
Dieses Wappen führen innerhalb der Familie die Häuser Thomel, Riesenberg, Sutlem, Faehna, Lilienbach und Worms.
Auch Feldmarschall Bernd Otto I. von Stackelberg (1662-1734), der nach der Schlacht von Poltawa zwölf Jahre Gefangenschaft in Sibieren erlitten hatte, erhielt 1727 bei der Erhebung in den schwedischen Freiherrenstand durch den schwedischen König Friedrich I. ein zusätzliches Wappen.
Dieses Wappen führen heute die Häuser Lassinorm, Hördel, Fegefeuer, Pallo, Hallinap, Röal, finnländisches Haus, australisches Haus und das Haus Sankt Petersburg.
Ein zusätzliches Grafenwappen erhielt 1763 der General Freiherr Wolter Reinhold von Stackelberg (1705 – 1801) als er durch den schwedischen König Adolf Friedrich in den erblichen schwedischen Grafenstand erhoben wurde.
Dieses Wappen führen alle Stackelberg in Schweden.
Mit seiner Erhebung in den erblichen deutschen Reichsgrafenstand erhielt 1775 auch der russische Gesandte Otto Magnus von Stackelberg (1736 – 1800) durch den deutschen Kaiser Joseph II. ein zusätzliches Grafenwappen.
Dieses Wappen führen heute die Angehörigen des Hauses Isenhof-Thomel.
1786 wurde das gleiche Grafenwappen vom deutschen Kaiser Joseph II. anlässlich der Erhebung in den Reichsgrafenstand von Reinhold Johann von Stackelberg (1754 – 1810) nochmals verliehen. Diese Linie der Familie ist 1915 erloschen.
Als 1854 alle Zweige der Familie, soweit sie nicht den gräflichen Linien angehörten, durch Ukas des Dirigierenen Senats in Sankt Petersburg die Berechtigung zur Führung des Baronstitels in Russlands erhielten, war damit keine weitere Verleihung eines Familienwappens verbunden.
¹ C.v.Klingspor, Baltisches Wappenbuch, Stockholm, 1882
², ³, ⁴ Abbildung im Originaldiplom